La veneración a la Virgen del Topo data del año 1610, cuando el cuadro es traído a esta Catedral, después del suceso milagroso donde se veneraba en el pueblo de indios de El Topo, cerca de Muzo (Boyacá). Esta región se vino a conocer como Topo, por el vocablo derivado del lenguaje chibcha “topu” con el que denominaban un tipo de alfiler adornado con esmeraldas con que las mujeres apuntaban sus mantos.
Un día Domingo de 1608, cuando los moradores de esa aldea de El Topo se preparaban para asistir a la Misa, vieron que en su ermita con el cuadro de la Virgen María se estaba incendiando. Rápidamente corrieron con cántaron y con cuanto pudieron con el fin de apagar el fuego, pero su sorpresa fue indescriptible pues en vez de llamas, encontraron refulgentes rayos de luz que salían del cuadro. Este prodigio y maravilla se repitió varias veces acompañado en dos ocasiones de un sudor aceitoso el cuál fue aplicado en llagas, tumores y otras dolencias, con milagrosos resultados.
El conquistador Don José García de Varela se encontraba en El Topo y presenció algunos de estos prodigios, por lo que resolvió viajar a Santafé a contar lo ocurrido a las autoridades eclesiásticas. Antes de traer el cuadro a Santafé ocurrió un verdadero incendio y el fuego consumió totalmente la ermita y cuanto allí se encontraba, salvándose únicamente el milagroso cuadro.
Al llegar el cuadro a Santafé, el Venerable Cabildo de Canónigos la toma por patrona y fundada su cofradía, a ella pertenecería lo más diverso de la sociedad santafereña, desde virreyes hasta indígenas y esclavos. Su favor se invocó en numerosas ocasiones cuando sequias o pestes asolaban a la ciudad. El fervor por esta advocación a la Virgen Santa, María, como Nuestra Señora del Topo, tuvo gran acogida, principalmente en región del altiplano cundiboyacense.
El cuadro de Nuestra Señora del Topo (nicho del retablo), es un anónimo sobre modelo de Luis de Morales, apodado “El Divino”, a imagen de un cuadro del Palacio Arzobispal de Madrid. Se trata de un óleo sobre madera, del siglo XVI.
El actual retablo fue elaborado por los talleres parisinos de Poussielgue-Rusand, originalmente como Retablo Mayor, siendo estrenado el 1º de enero de 1901. Fue trasladado a este lugar en las reformas de 1968. Las cuatro columnas monolíticas son de mármol azul africano y pertenecieron a un palacio de Alejandría (en Egipto) derribado en 1890. El frontal de bronce dorado representa al Niño Jesús en medio de los doctores de la Ley. El Sagrario es obra del siglo XX del platero Jorge Martínez Gómez, sobre dibujos de Inés Acevedo Biester, quien se inspiró en el frontal del actual Altar Mayor.
